Пока готовились документы, обосновавшие необходимость создания Коми автономной республики, пока они проходили по инстанциям (в частности, через НКВД), минуло 3 месяца. 25 апреля 1921 г. вопрос о Коми автономии обсуждал Совет национальностей Наркомнаца. Батиев убеждал присутствовавших «высказаться за выделение народа коми в автономную республику». Один из его аргументов заключался в том, что «такая республика явится буфером, ограждающим РСФСР от нападения ее врагов с севера». Однако будущий «отец народов» И. В. Сталин, возглавлявший тогда Наркомнац, был настроен против республики – достаточно будет и автономной области, рассудил он. Сталина поддержали другие члены Совета национальностей. (С той поры Батиев, возможно, питал некоторую неприязнь к И. В. Сталину; во всяком случае позднее, в отличие от большинства своих «товарищей по партии», которые, даже будучи в тюрьме, продолжали восхвалять «продолжателя дела Ленина», он высказывался в его адрес весьма иронично, называя всевластного генсека «Иосифом Первым».) Только один Батиев не согласился с Иосифом Виссарионовичем и потребовал внести в протокол и свое особое мнение на сей счет. Он предлагал провозгласить пока лишь необходимость создания автономии, а выбор ее формы был бы поручен «съезду Советов народа коми». Президиум ВЦИК особое мнение Батиева во внимание не принял и 5 мая 1921 г. постановил образовать Коми автономную область, вопрос о границах которой оставался пока открытым.
Наконец 22 августа 1921 г. был подписан декрет ВЦИК «Об автономной области Коми (зырян)». 27 августа появился знаменитый приказ № 1 Коми ревкома о вступлении его в управление автономной областью.
На плечах Коми представительства лежала тяжелая ноша – надо было составлять проекты экономического развития, подбирать кадры, добиваться выделения денег, организовать поставки в Коми область медикаментов, одежды, продовольствия – всего, в чем нуждалась молодая автономия. Батиеву и его коллегам пришлось столкнуться с коррупцией, уже успевшей подобно ржавчине разъесть управленческий аппарат советской России.
Тем временем в Усть-Сысольск поступили «сигналы», что в делах Коми представительства не все ладно. Батиева отозвали в Усть-Сысольск, он покинул Москву 14 или 15 сентября 1921 г., а через день два в представительство пожаловала комиссия рабоче-крестьянской инспекции Наркомнаца, начавшая собирать «компромат». Всплыли данные о взятках, плохой отчетности, банкетах для «наркомов» и других влиятельных лиц из российского руководства. Сотрудники представительства совсем пали духом, и комиссия так сообщала о положении дел: «Никто ничего не делает, потеряли головы, каждый день новости, кто травится, кто давится...»
Приехав в Усть-Сысольск, Батиев еще участвовал в работе руководящих органов области как их полноправный член. Но вскоре, 24 октября, председатель зыроблчека Липовский получил донесение от сотрудника зыроблчека Колыхматова, который, сообщив о беспорядках в представительстве, потребовал отправить Батиева в Москву: «Поскорей гоните его в шею сюда, а то нам без него трудно работать... Все ссылаются на Батиева...» 7 ноября Колыхматов писал Липовскому: «Работу вести в комиссии невозможно, в особенности без тов. Батиева, ибо здесь без него ничего не разберешь и не найдешь концов».
15 ноября 1921 г. Батиев был исключен из партии, 16 ноября снят со всех должностей. Примечательно, что следствие как таковое еще не началось, а Батиева уже заранее сочли виновным во всем, что творилось в представительстве, и даже в том, чего там не происходило. Вероятно, в поспешности, с которой последовало наказание, не последнюю роль сыграли неприязненные отношения, сложившиеся у Батиева со многими руководителями области.
Но уверенности в себе Дмитрий Александрович не потерял. Во второй половине ноября Батиева отправили в Москву разбираться с делами в представительстве. Приехав в столицу, он первым делом потребовал от работавшей там комиссии... отчета о ее работе! Рассерженная комиссия пожаловалась в экономическое управление ВЧК, и Батиев с санкции Коми областкома РКП(б) был посажен под домашний арест, а после сдачи дел новому представительству отправлен на Лубянку, где провел два с половиной месяца. Любопытно, что примерно в то же время большие перемены (и тоже не в лучшую сторону) произошли в судьбе П. А. Сорокина – его несколько раз собирались арестовывать, в 1921 г. лишили права преподавания, в сентябре 1922 г. выслали за границу... В списке тех, кого намеревались выслать в 1922 г., значился и Н. Д. Кондратьев. Он был арестован, но за него ходатайствовал Наркомфин; Кондратьеву разрешили остаться в России и назначили директором Конъюнктурного института при Наркомфине.
Скоро стало ясно, что свалить все неполадки в работе Коми представительства на одного Батиева не удастся. В результате заступничества Секретариата ВЦИК и Наркомнаца в феврале 1922 г. Батиева выпустили из тюрьмы под поручительство Енукидзе, Карклина, членов Коллегии Наркомнаца Павловича и Клингера, и до мая 1922 г. он работал в Совете национальностей Наркомнаца заместителем заведующего отделом нацменьшинств.
В конце концов в декабре 1922 г. «дело Зырянского представительства» передали в трибунал Коми области. Батиев в июне 1922 г. приехал в Гам, где тут же взялся за организацию районного союза деревообделочников, затем возглавил областной союз. По «Делу Зырянского представительства» Батиев твердо придерживался такого убеждения: «Если были преступления в представительстве, то я не оспариваю их, ибо точно не знаю, но преступления могли совершать московские нэпманы, пользуясь доверчивостью коми (национальный признак)». На сходную точку зрения в конечном итоге встал и областной суд. 12 мая 1924 г. ВЦИК специальным постановлением распорядился закрыть дело.