В 1932 году открылся Коми государственный педагогический институт. Для работы в нем были приглашены коми ученые, работавшие в других городах, в том числе и А. С. Сидоров. Он охотно откликнулся на приглашение и, приехав в Сыктывкар, стал преподавать в пединституте общее языкознание и практический курс коми языка, позднее возглавил одну из кафедр. Но, хотя пединститут открывал хорошие перспективы для подготовки специалистов, да и с ожидавшимся созданием научно-исследовательского института связывались большие надежды, на душе у Алексея Семеновича, вероятно, было невесело... Закрытие краеведческих изданий, вынужденный самороспуск Общества изучения Коми края, набиравшая обороты истеричная кампания против «буржуазной идеологии» и «нацшовинизма» в науке и литературе не могли не тревожить А. С. Сидорова. В год приезда Алексея Семеновича в Сыктывкар вышла из печати книга сотрудника КГПИ Н. И. Ульянова «Очерки истории народа коми-зырян», в которой журнал «Коми му», членом редколлегии которого был в свое время Сидоров, был прямо объявлен «органом пропаганды националистических и кулацких идей», а ряд краеведов провозглашен «буржуазными националистами». Фа милии Сидорова и других крупнейших коми ученых там, правда, не назывались пока... В 1933 году появилась книга В. М. Подорова, также сотрудника КГПИ, «Очерки по истории коми (зырян и пермяков)», в которой много места уделено обличению «буржуазно-националистического движения» в Коми области. В частности, резкой критике подвергался союз «Коми котыр», председателем оргкомитета которого был в свое время Сидоров. Тогда-то и возник миф о «Коми котыре» как «крупной буржуазно-националистической организации», стремившейся отвлекать трудящихся культурно-просветительской работой от решения неотложных политических задач и собиравшейся оторвать Коми край от Советской России. Последнее обвинение с равным успехом можно было бы выдвинуть против Сталина (цитата которого относительно национализма приведена в книге Подорова), поскольку именно он как нарком по делам национальностей в 1922 году непосредственно участвовал в обсуждении и утверждении проекта о создании Автономной области Коми — той самой автономной единицы для коми-зырян, о необходимости создания которой говорилось в уставе «Коми котыра»... Имя Сидорова в связи с «Коми котыром» и его «буржуазно-националистической» деятельностью в книге Подорова не упомянуто, но обвинения в его адрес в этих «Очерках» все же есть: в разделе, посвященном «разоблачению» К. Ф . Жакова («крупнейшего идеолога коми буржуазии и кулачества»), бдительный автор вспомнил про вечер памяти Жакова, состоявшийся после его смерти в Усть-Сысольске. Всех участников этого вечера, в числе которых был назван и Алексей Семенович, Подоров причислил к «интеллигенции националистического толка». Это было уже прямое обвинение в «неблагонадежности», адресованное непосредственно А. С. Сидорову. Обвинениями дело не ограничивалось. Начались аресты хорошо знакомых Алексею Семеновичу людей: В. И. Лыткина, А. А. Чеусова и других...