Поэтому поистине катастрофичными для мангазейцев стали 1642-1644 годы. В течение этих трех лет из-за свирепых бурь и усилившейся ледовитости «Мангазейского моря» (наступил так называемый малый ледниковый период) возившие хлеб кочи ни разу не смогли достичь города. Так, в 1643 году караван потерпел крушение. Мореходы, собрав уцелевший груз, на нартах отправились в сторону Мангазеи. Но путь был чересчур дальним. Кончилось продовольствие, люди, как вспоминал один из немногих уцелевших, «стали... с голоду помирать... людей мертвых ели».
В Мангазее тем временем питались звериными шкурами, корой, ремнями... В довершение ко всему голодавшим людям приходилось еще и заново отстраивать город: знойным летом 1642 года в Мангазее вспыхнул страшный пожар. В книге историка М. И. Белова приводятся слова очевидцев, рассказывавших, что за 10 верст было видно, как горел город. Воевода сообщал царю: «Волею божьей... половина города выгорела до тла, а из остальной половины ползут тараканы в поле. И видно быти и на той половине гневу божию, и долго ль коротко ль и той половине горети, что и от старых людей примечено». Мангазейцы писали: «Нам... острог ставить на горелом месте... некем... на службу поднимались должая великими долгами, дети и жены наши, живучи в Мангазейском городе, терпят голод... а теперь и должаться не у кого, потому что город запустел...»
Сложившейся ситуацией решила воспользоваться «самоядь мангазейская», притеснявшаяся властями, которые отбирали в счет ясака не только соболей – а их становилось все меньше, – но и оленей, обнищавшая, опутанная долгами, с которыми невозможно было расплатиться. Через два года нападение повторилось, но взять город ненецкие племена не смогли.